آوینی فیلمسازی را در اوایل پیروزی انقلاب با ساختن چند مجموعه درباره غائله گنبد(مجموعه شش روز در ترکمن صحرا)، سیل خوزستان و ظلم خوانین (مجموعه مستند‌خان گزیده‌ها) آغاز کرد.
وی فعالیت‌های مطبوعاتی خود را در اواخر سال ۱۳۶۲، همزمان با مشارکت در جبهه‌ها و تهیه فیلم‌های مستند درباره جنگ ، با نگارش مقالاتی در ماهنامه اعتصام ارگان انجمن اسلامی آغاز کرد.
آوینی در زمان جنگ در گروه جهاد فعالیت‌های بسیاری داشت. او در این دوره به سینما، هنر، فرهنگ واحد جهانی و مواجهه آن با مسائل مختلف فکر می‌کرد. مجموعه تحقیقات و مباحثات و نوشته‌های آوینی در ماهنامه هنری سوره منتشر و بعدها در کتاب آینه جادو که جلد اول از مجموعه مقالات و نقدهای سینمایی اوست جمع آوری شد.
اواخر سال ۱۳۷۰ مؤسسه فرهنگی روایت فتح به فرمان آیت الله خامنه‌ای تأسیس شد تا به کار فیلمسازی مستند و سینمایی درباره دفاع مقدس بپردازد و تهیه مجموعه روایت فتح را که بعد از پذیرش قطعنامه رها شده بود، ادامه دهد.
آوینی و بقیه گروه، سفر به مناطق جنگی را از سر گرفتند و طی مدتی کم‌تر از یک سال، کار تهیه شش برنامه از مجموعه ده قسمتی «شهری در آسمان» را به پایان رساندند و مقدمات تهیه مجموعه‌های دیگری درباره آبادان، سوسنگرد، هویزه و فکه را تدارک دیدند. اگرچه مقارن با همین زمان، فعالیت‌های مطبوعاتی او نیز ادامه داشت.
شهری در آسمان که به واقعه محاصره، سقوط و بازپس گیری خرمشهر می‌پرداخت، در ماه‌های آخر سال ۱۳۷۱ از تلویزیون پخش شد، اما برنامه وی برای تکمیل این مجموعه و ساختن مجموعه‌های دیگر با شهادتش در فکه ناتمام ماند.
سید مرتضی آوینی، بیستم فروردین ۱۳۷۲ در فکه و در حال ساخت مجموعه مستند و تلویزیونی روایت فتح، بر اثر برخورد با مین‌های باقیمانده از زمان جنگ به شهادت رسید.
پیکر شهید سید مرتضی آوینی ۲۲ فروردین با حضور مقام معظم رهبری و هنرمندان و نویسندگان تشییع و در گلزار شهدای بهشت زهرا (س) به خاک سپرده شد.
مهم‌ترین آثار:
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۴). روایت محرم. تهران: مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های بازرگانی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۶). گنجینه آسمانی (متن گفتارهای مجموعه مستند روایت فتح). تهران: کانون فرهنگی هنری ایثارگران و موسسه فرهنگی روایت فتح.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۶). توسعه و مبانی تمدن غرب. تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۷). آینه جادو (جلد ۱: مقالات سینمایی). تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۷). آینه جادو (جلد ۲: نقدهای سینمایی). تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۸). آغازی بر یک پایان. تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۸). آینه جادو (جلد ۳: گفتگوها، سخنرانی‌ها و مقالات سینمایی). تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۸). امام (ره) و حیات باطنی انسان. تهران: روایت فتح.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۸). فردایی دیگر (مجموعه مقالات). تهران: برگ.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۹). حلزون‌های خانه به‌دوش. تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۹). رستاخیز جان. تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۹). فتح خون (روایت محرم). تهران: ساقی.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۷۹). یک تجربه‌ماندگار (روایت فتح به روایت شهید سیدمرتضی آوینی). تهران: روایت فتح.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۸۰). با من سخن بگو دوکوهه (گفتار متن برنامه روایت فتح). تهران: روایت فتح.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۸۰). مرکز آسمان. تهران: روایت فتح.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۸۲). حکومت فرزانگان (مروری بر مبانی حاکمیت سیاسی در اسلام). تهران: موسسه فرهنگی هنری شهید آوینی و نشر غنچه.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۸۴). سفر به سرزمین نور. تهران: روایت فتح.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۸۴). شهری در آسمان. تهران: روایت فتح.
- آوینی، سیدمرتضی (۱۳۸۴). نسیم حیات (گفتار متن فیلم‌های مستند). تهران: ساقی.
پایان متن/
